自成自然明白左良玉的用心，所以毅然放弃围攻了二城，将左良玉引到偃城，然后突然回师将其全军包围。左良玉固守偃城，双方激战了十八天，李自成始终不能吃掉左军，又打成了持久战！
新任三边总督汪乔年奉命率陕西部队来援，但他不敢直扑偃城解左军之围，遂用围魏救赵之计，攻击李自成设在襄城的老营。
汪乔年在陕西任上刚挖了李自成的祖坟，故李自成对其非常怨恨，得信后立刻率全军自偃城撤围，将汪乔年包围于襄城。汪乔年手下的三个总兵官贺人龙、牛成虎、郑嘉栋不战而逃，只留下汪乔年率步兵千余人困守城池。
偃城的左良玉在解围之后，却不及时援助给他帮忙的汪乔年，汪乔年苦撑了十几天后，终于城破被杀。
其后，李自成再度围攻开封。
崇祯命丁启睿负责解开封之围，丁启睿督率左良玉、虎大威、杨德政、方国安四总兵来援，保定总督杨文岳也率部往会，明军共集结兵力约十八万人。崇祯同时启用善于用兵的孙传庭督陕西部队出关夹击李自成。
此时开封城外正值麦熟，双方争抢割麦。李自成见城内守军不敢出，于是分兵四出略地，一连攻陷郑州、阳、新郑等地，开封益发孤立。
而明军也曾出城迎击过一次，但出城的三营兵马全军覆没。从此再不敢轻易出城野战。此时明援军已会师于开封南面地朱仙镇，李自成留下部分部队继续围困开封，并伪造左良玉令箭送入开封城，让守军不要外出夹击，开封守军果然中计，在整个朱仙镇战役中。没有一兵一卒出城助战。
然后，李自成亲率主力向朱仙镇靠拢，寻求明军主力决战。
明军主帅丁启睿不能服众，各将领意见分歧，左良玉主张持重不战，虎大威等则主张尽早决战。最后虎大威的意见占了上风，丁启睿耐命官军出击。
李自成集中主力猛攻左良玉，左军渐渐不支。于夜晚拔营撤退。其他各军阵脚大乱，丁启睿、杨文岳也都先后率部逃走，李自成大获全胜。李自成早在左军撤退路线上挖了一条深广各二丈的堑壕拦阻，逃跑中的左军突然受阻，加之身后李军急追，遂大乱，人马纷纷陷入堑壕中。
左良玉等将领策马从被自己人尸首填满的堑壕上踏过，逃往襄阳。丁启睿逃得更难看，把朝廷的敕书、印信都丢失了。
李自成取得朱仙镇之战得胜利后，回师继续围攻开封。防御开封地高名衡组织了一次大规模出击。出动了万余步兵和五千骑兵，连周王的亲军也参加了战斗。
明军激战至中午，抢得了马牛骡等三百余匹和一些粮食器械，在李自成大部队赶到后，才撤回城中。
此时正值夏秋间水涨，高名衡派人挖开黄河。企图用河水冲击李自成军，却被闯军发现，未能成功。李自成大怒，依法炮制，换个地方挖堤，堤是挖开了，不过此时水位还低，只引来一条涓涓细流。对开封城墙没什么威胁，倒是把护城河的壕沟都充满了水，更不利于攻城，城里的老百姓还趁机从河水里网鱼吃。
开封城里此时严重缺粮。随着围困的日久，围城中的人饿死了七成，有富人用珍珠换米，小珍珠掉到地上不捡，而小米粒掉到地上就赶快捡起来。城里人吃人，官军杀一些马，掺杂上人肉卖给老百姓，每斤要价数两银子，有些人走到偏僻处往往就给人拉去杀了吃掉。
没有燃料，就砍树，树砍完了，就拆房子，一些富丽的建筑物，就这么给毁掉了，实在没房子拆了，就烧死人骨头，易子而食，析骨而炊，米珠薪桂，就是开封城里的惨状。
城外也好不到哪去，罗汝才部队地粮食也吃光了，准备转移。李自成还有存粮，接济了他一些，并承诺攻破开封后，将东城交给他，罗汝才这才勉强留下。
高名衡坚守不降，夜间不时派些精锐出城劫营冲杀，但终不能让李自成退兵。有人献计，认为开封城墙坚固，而农民军的营寨靠近黄河大堤，挖河决堤可予农民军以重大杀伤，而城墙不会严重受损。已经走投无路的高名衡等人决定，再次决河灌敌！
两天后的夜晚，黄河河水大涨，开封守军于朱家寨掘开黄河大堤，河水迸涌而下，势如山岳，平地水暴涨两丈。
李自成有所察觉，主力部队已移营高处，但还是有万余人被水淹没。
作为报复，李自成也令于马家口决堤水灌开封城。大水冲入开封城中，数十万居民溺死。周王府也被淹没，周王只好带着家眷和小王爷们在城头上露宿了七天，侥幸活下来的老百姓，只好爬到坚固些的房子顶上，延残喘……
曾经的东京汴梁，就这样毁灭在人为的滔滔洪水中。数百年来，无数能工巧匠用尽智慧与心血浇灌起来的这座伟大的都市，就这样毁灭了。从此，开封城再也没有恢复过她当年地辉煌……
开封城已经再也无法坚守了，总兵卜从善以水师来到开封城头，巡抚高名衡、推官黄澎等人保护着周王一家逃出，士民从而济者，还不及两万人。
在开封激战之时，崇祯启用被关在狱中的孙传庭为兵部侍郎兼三边总督，赴陕西组织军队赴援开封。孙传庭上任后，杀掉在马家庄之战中拥兵自重，临阵先逃的总兵官贺人龙，以其部将高杰代之，并积极整饬军队。
此时，陕西各军刚遭受了马家庄、襄城两次沉重打击。兵员大多是新招募地，战斗力有限。崇祯不顾孙传庭的具体困难，屡次催促他出关援汴，孙传庭请求缓期，崇祯不许。
孙传庭只得咬牙带着一帮新兵蛋子出潼关，向河南进发。刚进入河南。便得到消息说开封已被黄河水淹，周王等逃走，援汴已无必要，孙传庭遂率部抵达南阳休整。
李自成于开封撤军后，得知孙传庭东出，便率军西向，寻孙传庭决战。孙传庭军迎击，两军遭遇于县附近。
总兵牛成虎佯装败退。李自成自恃兵多，不虞有他，一路猛追，被诱入孙传庭的三重埋伏中，牛成虎返身回战，高杰、董学礼、左、郑嘉栋等四总兵或左右包抄，或分割冲杀，贼军大败。
李自成折断帅旗溃围东走，路上还坠马一次，险些被明军俘虏。明军追杀三十余里。及于县东边之冢头，斩首千余。
但李自成也是沙场老手，早年吃这样地败仗不是一两次了，所谓善败者不大败，他立刻命部下一路抛弃军用物资及珠宝银两衣物等，甚至还扔下些弱马和随军妇女。
明军多是新兵。缺乏战场经验，到处捡拾财物，搅乱了战斗队形。而贼军方面，则因罗汝才部及时赶到，力量有所恢复。
罗汝才率部绕到官军后面，反将明军包围起来，李自成则利用官军混乱之机，整顿残部。重新投入战斗，贼军人多势众的优势此时充分体现出来了。战场形势立刻改变。明军几位总兵顶不住压力，率先溃逃，其他各部也难以支撑。都纷纷撤退。孙传庭喝止不住，只得在亲卫部队的保护下突围退回陕西。
此战，明军损失副将孙枝秀、参将黑尚仁以下将校七十八人，士卒损失数千人。总兵萧慎鼎因临阵脱逃被斩首示众，另一位总兵左襄因为是名将左光先地儿子，只罚马两千匹。
贼军因在序战中损失很大，所以也未能扩大战果，全歼孙传庭。李自成在此战中损失了精锐部队八千余人，自进入河南以来，他还从来没遭受过这么大的损失。
孙传庭是大明一位悲剧性的英雄人物，而这一战结束之后，还远不是他悲剧的结局……
李自成击败孙传庭后，随即回师扫荡驻军汝宁的保定总督杨文岳，以期彻底消灭河南地明军大部势力。李自成率罗汝才及革左五营等部，合围汝宁，杨文岳在城外野战不利，退入城中固守，随即城陷被俘。
明末这些总督们，在能力上各有长短，但在气节上，都能够做到忠于所事，宁死不屈，这还是很难能可贵的。杨文岳也不例外。他拒绝了李自成的劝降，并破口大骂，李军将他绑在城南三里铺，以大炮轰击，洞胸骨而死！
彻底消灭河南地明军后，李自成南下寻襄阳地左良玉决战，左良玉回避决战，向东逃走，逃到九江才在李邦华和侯方域的劝说下止步，勉强组织了一道防线。
李自成没追上左良玉，便顺手攻克了嘉靖皇帝的龙兴之地承天府。嘉靖皇帝原本是藩王，因其堂兄武宗正德皇帝死后无子，遂以藩王身份入继大统，所以嘉靖父亲的陵墓在承天府，而不是在昌平天寿山下。
而直到崇祯以来的明朝皇帝，都出自于嘉靖一支，故承天明显陵，实际也就是崇祯的祖陵。汪乔年为三边总督时，曾授意米脂县令边大绶毁掉了李自成父祖的坟茔，所以李自成攻克承天府后，也就如法炮制，也掘毁了显陵作为报复……
在李自成步步紧逼，连连取胜的时候，取得了松锦之战胜利的满清，再次入寇山东，屡遭战火地山东大地，再一次遭到了蹂躏……
此刻明军主力皆在与李自成、张献忠等人的激烈战斗之中，哪里还有多余的兵力去援救山东？因此只能眼睁睁地看着，眼睁睁地看着那些满清的八旗士兵在山东大地上往来奔跑，眼睁睁地看着山东的百姓被屠杀……
当满清铁骑开进到离济南不到二十里的时候，前面探路地快马忽然回报，济南城上遍插战旗，大书“忠勇武英王”金字。
带队的济尔哈朗一听是朱由斌的队伍，犹豫不决，带百余骑亲临城下，才到济南，但见城楼上一员大将全身披挂，威风凛凛，身后大旗上书：
“济南总兵李”！
那将眼见济尔哈朗到来，拔刀指着城下厉声道：
“江南军大将李天齐在此，有敢攻击济南者，死！有敢伤我济南军民者，死！有敢犯我军威者，死！”
济尔哈朗身边诸将大怒，纷纷都主动请战，济尔哈朗却挥手制止道：“我非怕李天齐，你等看济南南人，人人备战，个个都似有决死之心，若是此番攻击，我军必遭遇极大困难。还有那朱由斌，闻听济南遭到攻击，焉能不救？只怕在两面夹攻之下，睿亲王的悲剧，又要在我军身上上演了……”
济尔哈朗于是以言语试探：“李将军孤守济南，不过一总兵尔，若能来我大清，我保你王爷之职，将军不见祖大寿、孔有德？”
“你以为人人都像他们般贪生怕死吗？”李天齐仰天大笑起来：“纵然死在这济南城头，我亦是大明的好儿郎，济尔哈朗，来，来，来，李天齐人头在此，你这便拿了去吧！”
济尔哈朗默然不语，观济南城良久，乃命撤兵。此次满清侵扰山东，各地均遭受重大损失，唯独济南未经一战，未死一人，只打出“江南军”旗号，便使济尔哈朗撤军，是为难得一见的战场奇迹。
但战报传到朱斌耳朵里后，这位王爷只淡淡一笑：“你以为金虏是真的怕了我们？我看未必便是这样，他们其实和咱们一样，都是觉得决战的时机未到！”
