39年实在是一个多事之年。国民党召开五届五中全会，中心议题是决定抗战方针及“溶共、防共、限共、反共”方针。表明了国民政府的斗争主要方向转向。
对待盘踞的日军，蒋介石指示中央军分别于3月和六月进行了春季、夏季反攻。无奈日军虽然消极进攻，但防守还是绰绰有余的。黄河前线，李宗仁指挥东北军、川军配合晋绥军发动了两次进攻，一路打到了石家庄附近。但在日军华北派遣军和增援的关东军的反击下，立脚不稳，再次被赶回了黄河以南。死伤部队五、六万人。
江南的进攻则损失更大，在日本海军的努力下，日军彻底疏通了至江阴的航道，利用海军的舰炮支持和空军轰炸，将猛烈进攻的中央军活活炸退。而保安军留下的江防部队停留在南京，帮不上忙。好在日军也忙于备战，面对锡澄线大规模集结的中国部队也不敢贸然进攻。
李义回到福建，将保安军休整补充。他现在的重头放到了海军的身上。经过这段时间的建造、补充，保安军海军已经发展到拥有八艘航母，近两百艘各式战舰，上千艘大型运输船的规模了。这么长时间的休整，早让这帮海军憋得嗷嗷直叫了。但是李义却安慰他们稍安勿躁，静候时机。美国人的禁运法令颁布已经快一年了，他相信日本是难以容忍的。美国的禁运手段是残酷的，断了日本的战争资源，其中包括战争必用的高辛烷石油。没有石油，日本的飞机无法升天，舰艇无法在海中行驶，日本就无法继续对外扩张。这换了谁也不会答应。
于是，从39年春天开始，日本海军就开始进行针对的大规模演习，假想目标直指珍珠港。保安军负责监视的潜艇部队和潜伏在日本的间谍都发回了日海军大规模演习的报告。正是基于此，李义才判断出日军这是打算对东南亚动手了。
当然，辅助的判断还有。一是日军发动了针对福建、广东的进攻。春季日军集中两个航母群掩护陆军向福建宁德、福州、厦门发动试探性进攻。连续十几日的战斗，被保安军空军、海军和岸防部队击退，损失了好几艘军舰。而后，日军又转向广东沿海，攻破珠江口虎门炮台，夺取了广州。跟着到了夏天，日军继续南下攻占了海南岛，在海南崖县（今三亚）修建军港，设立海军后勤基地。
大批的日军陆、海军进驻台湾、广东，这基本就是日军大规模“南下”战斗的前兆。然而，日军陆军却始终耿耿于怀，在陆军部的默许下，驻扎在满洲的关东军和苏、蒙军队爆发了诺门罕战役，或称哈拉哈河战役。再次企图施行他们的“北上”主张。在满洲与蒙古的边界诺门罕，日、俄双方的军队分别代表“伪满洲国”及“蒙古国”交战，但日、俄双方并没有向对方正式宣战。
此战中，关东军司令官命令第23师团集中兵力共计2万多人、84辆坦克、180架飞机和400辆汽车发动地面攻势。以苏联朱可夫元帅和蒙古人民共和国乔巴山元帅为领导的苏蒙联军，以苏军第57特别军为骨干，组织了150辆坦克、154辆装甲车、90门大炮和全部飞机及蒙古骑兵等其它部队，分三路反攻。其中，流浪在该地的保安军东北挺进军虽然仅余不足五万人，但依旧配合苏蒙军一道攻击了关东军。在联军的打击下，日军第23师团难以招架，日军不惜动用了石井细菌部队（731部队）发动了细菌战，不慎竟有1340名日军染上伤寒病、赤痢病和霍乱病，就连731部队军医和播毒敢死队员，被细菌传染而亡命的也达40多人。
战事越打越大，日军为实施统一指挥，在海拉尔组建第6军，司令荻州立兵中将率领2.5万日军增援；苏军统帅部也将第57特别军扩编成第1集团军，集结第1集团军（6万余人）、摩托化第36师，机械化第5旅，装甲第7旅、第8旅、第9旅，坦克第6旅、第7旅、第11旅，空降第212旅、机枪第5旅、炮兵第185团，反坦克炮第37、85营，第63、66、150防空营等其他部队（另附外蒙骑兵第6师、骑兵第8师等部队），共计机械化大军10万余人（另外动用铁路昼夜不停的运送来18000吨炮弹，6500吨炸弹，7000吨燃料，4000吨粮食和4000吨物资、3000辆载重汽车.....）。苏军共计动用498辆坦克、346辆装甲车，542门大炮，515架飞机向日军发动了猛烈进攻。
面对苏军的机械化集团军，日军虽然1辆坦克也没有，被苏军成千吨炮弹猛烈轰炸，还被苏军装甲部队合围，但日军毫无惧色，在阵地上勇敢地和苏军激战。甚至一度日军还发起了反击。但血肉之躯和武士道精神终究是抵挡不住机械钢铁和大炮的，在苏军优势空军、装甲军的联合打击下，日军终于狼狈突围逃窜。
吃了大亏的关东军司令部调集第2师团10000人、第4师团9800人、第7师团8000人、高炮部队和国境守备队主力向诺门坎前进，准备和苏军再决雌雄；陆军部也在中国关内战场调集：第5师团，第14师团，野战重炮兵第9、第10联队，速射炮9个中队，16个野战高炮队，1个飞行战队，22个汽车中队到达我国东北，以增强诺门坎地区。这要是双方投入战斗，那就是战役级别的战事了，势必不能得以善终。日军大本营出于战争国策的需要，及时阻止了陆军的进攻。9月9日，东乡驻苏大使向苏联提出诺门坎停战要求。此时，欧洲形势急剧变化，苏军虽然在远东取得战役的胜利，但无意扩大战果。15日，与苏联外交部长莫洛托夫签订停战协定。诺门坎战事结束。
诺门罕之战，历时135天。双方投入战场兵员20余万人，大炮500余门，飞机900架，坦克、装甲车上千辆，死亡6万余人。其中苏军投入约10万人、坦克500余辆及装甲车约350辆；死亡失踪人数约9700人，约16000人受伤。日军出动的58000余人中，步兵第23师团整体全军殆尽，第7师团、第8国境守备队、第一独立守备队和第1坦克师团各有损伤。死伤总数不下3万人。但鬼子的一贯做法是尽量往少了报，直到后世1966年，在日本的靖国神社举行了一场“诺门罕事件战没者慰灵祭”的活动，朝日新闻报道中才称这是战死人数为18000人的诺门罕事件战没者慰灵祭.这一战，彻底打醒了日本陆军。相对于苏联红军来说，日军的力量还是大大不如的！而这一战也坚定了日军大本营的决心，坚决执行南下国策，夺取东南亚资源（特别是荷属印度尼西亚的石油）才是正道。
