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小笠原辉长没有急着进攻山和山阳道，辉长进驻京都，他决定重新修缮平安京。
平安京寓意“和平与安定之都”，由桓武天皇效仿隋唐长安和洛阳建设。
建筑群呈长方形排列，朱雀路为轴，贯通南北，分为东西二京，中间为皇宫，正面是罗生门，宫城之外为皇城，皇城之外为都城。
城内街道呈棋盘形，东西、南北纵横，布局整齐划一，明确划分皇宫、官府、居民区和商业区，神宫坐落于北方，街道都以直角交会。
京都位于日本本州岛中西部，坐落在京都盆地北部，东距日本第一大湖琵琶湖仅5公里，东、西、北三面有丹波山地、比良山地和贵船山地环绕，市区随京都盆地向南面大阪湾敞开为巨型口袋形状。
平安京南北长约5.2公里，东西长约4.5公里，面积相当于中国唐代京师唐长安城的五分之一。面积23.4平方公里，人口160多万。
现在的平安京因为多次的战火已经衰败，但辉长要把平安京修起来。
在平安京内，朱雀大路连接大内里朱雀门和罗城门，东筑大宫、西洞院、东洞院和东京极等大路，西修四大宫、道祖、木辻和西京极等大路东西走向的一条、土御门、中御门和二条至九条等各条大路，与朱雀大路垂直相交。
平安京四周为当地人所信仰的贺茂、松尾、稻荷等神社，后又变成皇室和贵族的信仰对象。
不过，因桓武朝的建都和征夷两大事业半途而废，京内有的地方只修整了区划而来完成罗城等处的建设。
右京（长安）又是池沼星罗棋布的低洼地带，呈现一片“人家渐稀，几近幽墟，人去无回，屋坏不修”的景象。
因此，人家大都集中在左京（洛阳）四条以北的高岗干燥地带。
院政时期，又以流经左京极大路东面的鸭川以东白河为中心，建造了很多寺院和离宫，使得东京更加繁荣，因而日本人总喜爱称京都为“洛阳”、“洛城”、“洛都”。
因此大名们带兵入京都也叫作“上洛”。
京城形制南北长，东西窄，这一点是异于隋唐长安城的，尤其是平安京，其长宽比例与隋唐洛阳城十分接近;其次，里坊均呈方形，同于隋唐洛阳城的里坊形制。
再次，朱雀大街南端两侧各置宗教建筑一所，也是模仿洛阳城而建，这一点主要体现在平安京。
最后，在里坊名称方面，平安京的“铜驼”、“教业”、“宣风”、“淳风”、“安众”、“陶化”、“丰财”、“毓财”等8个坊名均采自隋唐洛阳城，平安京朝堂院南门的名称也采自洛阳城，称为应天门。
这就是平安京大致的模样了，修复平安京是要显示自己的实力，家臣们并没有反对此事，并且踊跃的捐了钱粮作为献礼。
辉长当即招募了大量工匠前来京都，同时他也以幕府和朝廷的旨意下发了修复平安京的法令。
此时已经行将就木的尼子晴久得知了小笠原辉长要修复平安京的时候也是大为惊讶。
尼子晴久为尼子经久的嫡孙，1537年尼子经久将家督之位让予尼子晴久。
之后尼子晴久便进攻播磨国来扩大版图，但是由于敌对的大内义隆对尼子家进行牵制，而且有力的国人毛利元就的离反，致使尼子家大败。
1541年祖父过世之后，尼子晴久致力于将叛离的国人找回，并且击退了大内义隆的进攻。
尼子晴久致力于恢复旧有版图，以出云、伯耆、美作、隐岐四国为基础，对周边地区展开进攻。
1551年大内义隆因为陶晴贤的谋反而自杀后，1552年幕府封尼子晴久为山阴山阳等八国守护。
1554年尼子晴久以新宫党谋反为由，杀害叔父尼子国久等人。一般都以为这是毛利元就的反间计，但是近来研究也指出这是尼子晴久用肃清自家的作法来强化内部统治。不过尼子家也因此而衰退。
1555年陶晴贤于严岛败死后，尼子晴久趁机进攻石见，夺取大森银山城，但是与毛利元就陷入拉锯战；1561年尼子晴久死于月山富田城。
尼子晴久找来尼子义久道：“我死之后，你肯定不是毛利元就的对手，尼子家灭亡的时机就快到了。
但是现在我们尼子家又有了一个选择，你立刻去京都向新的幕府将军请降，不管公方殿下是什么条件你都要答应。
殿下一定不会彻底剥夺我尼子家所有的领地，只要他给你留一块领地，这对于你，对于尼子家来说都是好事。”
尼子义久听从了尼子晴久的话，随即带着礼品，以及自己的女儿前往京都。
尼子义久见到小笠原辉长，当即伏身道：“臣下拜见公方殿下！”
小笠原辉长微微点头道：“起来吧，你父亲让你来做什么？”
尼子义久低头道：“殿下，我们尼子家愿意降服，成为殿下的家臣，手中所有的领国愿意全部奉上！
本家领地内有一座银山，名叫石见银山，这是一座大银矿，殿下正好在修复平安京，我们尼子家愿意献上石见银山！”
对于辉长来说，他根本不缺钱，因为本间家的佐渡岛上有着最大的金山，同时还有甲斐的金山，伊豆的银山。
对于辉长来说，现在他的实力十分的雄厚。再加上有堺港的存在，对于辉长来说，时间过得越长，他的实力便是成倍的增长。
辉长笑道：“你们的诚意我已经看见了，这样吧，我把出云伯耆两国留给你，你家其余领地归于幕府处置。”
尼子义久没有反驳，当即就同意了，同时说道：“小女千雪，愿意留在殿下身边服侍。”
辉长笑眯眯道：“好，你很懂事，放心吧，你们尼子家做了吾的家臣，若是毛利家敢动手，吾必定出兵灭了他。”
尼子义久连忙拜谢，回了出云。他把幕府的条件和尼子晴久说了一遍。
尼子晴久拖着病体，笑道：“如此，尼子家保全了！我便是死了，也可以瞑目了。”
小笠原辉长收服了尼子家，这让毛利家很是紧张。
不过小笠原家现在要对一向宗的势力出手，如今京都附近的一向宗势力已经被肃清。
现在他需要攻打加贺的一向宗佛国，伊势的长岛一向一揆，还有石山本愿寺。
不过辉长还没有打算动手，他决定先把平安京修好，同时在平安京外修建一座御所。
御所的位置在大阪，依旧是按照平安京的规模修建。
整个京都附近成了大工地，大量的工匠与平民都在参与两座大城的建设。
四国的土佐国人伊予国人，毛利家，九州的大友松浦岛津龙造寺等都派了人前来查看。
他们看着那庞大的工地，驻扎在附近的数万军队，那可是吓得他们都合不拢嘴来了。
在毛利家的居城郡山城，毛利元就听取了细作的报告，得知小笠原辉长的实力后，他沉默了。
随后他召见了自己的三个儿子毛利隆元、吉川元春、小早川隆景。
毛利元就说道：“现在东边的小笠原家已经开幕，并且在修复平安京，我已经派人打探过了，他的实力很强。
老谋深算的尼子晴久已经让自己的儿子向幕府投降了，他们家得到了两个领国。你们觉得呢？”
吉川元春连忙说道：“能够让尼子晴久投降，那得多大的实力？”
毛利元就说道：“细作在京都附近就看见了三万大军，细作打探过了，如今的小笠原幕府管辖的领地已经超过了千万石。”
“千万石！”毛利隆元惊讶道，“这可怎么打，本家绝不是对手啊！”
毛利元就叹了一口气，说道：“这世上已经没有人是小笠原幕府的对手了，隆元你也去京都吧。”
小早川隆景连忙说道：“父亲，一点条件都不提吗？”
毛利元就摇头道：“不，我们不能提条件，而且我们还要送去两个公主，去吧！”
毛利隆元赶往了京都，面见了小笠原辉长，向他表达了毛利家愿意降服的意思。
小笠原辉长大喜，毕竟被称为西国第一智将的毛利元就投降了。
现在山阴山阳两道大势力已经投降，小笠原辉长明年就可以直接攻打九州岛了。
小笠原辉长笑道：“那么就留下安艺和周防两国为你家领地吧，其余领国由幕府处置。”
毛利隆元献上自己的两个女儿，留在小笠原辉长身边服侍。
随着毛利家和尼子家投降的消息，九州岛的龙造寺家、少二家、相良家、大友家、岛津家、伊东家等纷纷派出使者，请求投降。
同时长门的大内家，土佐的一条家长宗我部家，伊予的河野家也纷纷派出使者投降。
永禄四年，辉长一统全天下，同时平安京和长安城修建完毕。
平安京是天皇所在的地方，称之为洛京，而小笠原辉长所在的将军御所名为长安城。
长安城建成后，小笠原辉长召见六十六国的大名，上百大名向小笠原辉长跪拜。
辉长坐于主位上说道：“天下已定，不再有战乱，诸位要致力于管理各自的领国。不要有不该有的心思。
我的幕府可不像前面几任幕府一样软弱无力，谁敢破坏天下太平，那么天下共击之！”
“喔！”
一众大名当即伏首。
幕府麾下的大名分了御三家，甲斐的武田家，三江的小笠原家，上野的小笠原家。
其次就是一门众，然后就是他倚重的家臣，最后才是那些降服的外样大名。
幕府直领千万石，拥有五万旗本武士拱卫幕府安全。随后分布御三家、亲样大名、外样大名。
这基本是按照德川幕府的布置，只不过如今小笠原幕府的体质了。
战国时代已经结束，但是战争没有结束。
永禄五年，小笠原辉长正式与显如宣战，一路大军攻打加贺，一路大军攻打伊势长岛，小笠原辉长亲自攻打石山本愿寺。
很快，加贺被击败，长岛也被击破，只有石山本愿寺还在坚持。
显如已知自己打不赢了，便派人到了朝廷那里，随后天皇派遣近卫前久出面调停。
小笠原辉长当即拿出了限制一向宗的法令，显如最后不得不同意了这项法令，本愿寺所有的分宗全部被毁，僧兵被解散。
所有的寺庙都要接受官府的管辖，土地被清查全部都要交税。
随着本愿寺认输，天下已无战事爆发，但是还有不少浪人是不稳定的因素。
为此小笠原辉长将浪人武士推销给南蛮人，南蛮人对此也很满意，这让小笠原辉长赚了一笔钱，同时也让这些浪人武士不会成为国内的不稳定因素。
永禄六年，也就是一五六三年，十六岁的织田市嫁给了小笠原辉长，这也让小笠原辉长高兴不已。
天下已经平定，再加上朝廷和辉长手下的三大佬和九奉行的管理，天下彻底安定，幕府也是有钱有粮有兵，小笠原辉长便开始游山玩水。
到了永禄十二年，也就是一五六九年，小笠原辉长的长子十七岁，而辉长已经四十二岁。
辉长当即让天皇给长子进行成人礼，成为乌帽子亲。
他的长子得天皇赐字，名为小笠原正长。
随后小笠原辉长升任太白之位，正长继位幕府之位。
不过天下制度已定，再加上小笠原辉长的威望，正长每日只是看一看各地的奏报。
至于辉长则是每日带着美人们到处游玩，乐不思蜀。
小笠原正长上位不久，便请天皇改年号为天正，天正十五年也就是一五八四年，六十七岁小笠原辉长病倒了。
至于辉长以前的妻妾基本都早已病故，身边只剩下阿市。
阿市看着脸色苍白的小笠原辉长抹着眼泪。
辉长慢慢睁开眼看着哭的梨花带雨的阿市，笑道：“阿市，让我枕着你的腿。”
随即两名侍女和阿市合力把辉长脑袋放到阿市的大腿上。
辉长喘着粗气道：“啊…阿市，天下第一美女，我在也不能见着你了。我儿，我儿到了吗？”
小笠原正长连忙凑到辉长身边道：“父亲，儿在！”
辉长偏头看向正长道：“告诫子孙，再怎么荒唐也不要忘了紧抓军队，五万旗本武士乃是幕府根本，一定要他们勤加练习武艺，日夜不可荒废！
其余大名谁敢闹腾就让其余大名征讨，剿灭之后就削番！扶我起来！”
随后正长和另外一名武士扶着辉长走到天守阁外的走廊上，辉长看着长安，以及几里外的平安京。
他抬头大笑道：“哈哈哈，大丈夫生于天地之间，必留大名于青史！”
辉长一喊完自己的辞世诗，顿时气绝倒在了儿子正长的怀里。
这时正长立马嚎哭起来，随后天守阁内所有人纷纷跪坐在地上嚎哭。
很快大家都知道了，一统天下的太白，小笠原幕府的第一代大将军小笠原辉长病故了。（全剧终！）
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