至于正红旗和正蓝旗则成了汉人旗。正红旗的旗主是洪承畴，固山额真是赵良栋；正蓝旗的旗主是范文程，固山额真是张勇；镶红旗固山额真为白如梅。此外，汉族将领，原镶红旗副都统杜敏；正黄旗护军统领孙达理都在其中充任梅勒额真。
这样一来，大清八旗当中正黄旗、镶黄旗、镶白旗是满洲旗；正红旗、正蓝旗、镶红旗是汉人旗帜；正白旗和镶蓝旗为蒙古旗。
但是，满洲贵族在蒙古的正白旗中安插了自己人，也就是那巴尔泰领两个骑兵标，分走了蒙古正白旗三分之一个旗。好在正白旗两个协的六个标和其他旗不同，有四个骑兵标，两个步兵标，否则擅长骑兵的蒙古人可就要吃大亏了。
满洲贵族又在汉人的镶红旗中安插了一个梅勒额真，就是栗噶，分走了一个旗中的两个协中的一个协，也就是两个步兵标和一个骑兵标，等于拿走了半个旗。
所以，实际上满洲人拥有三个旗加一个旗的百分之八十，相当于三点八个旗，是新八旗中最具有优势的；汉人占据二个旗加半个旗，居中；剩下的是蒙古旗，最有劣势。
不过，洪承畴亲自掌控火炮十三营，黄梧逃到北京后与其子黄芳度一起进入了火炮十三营中，这使得汉人与满人的差距缩小了。
在军事装备上，满洲三个旗全是火器旗，汉人的正红旗和正蓝旗是火器旗帜，同时火炮十三营掌握在洪承畴手中，因此满汉的实力对比其实差不太多。
李存真的崛起可以说使得汉族的势力有了一个大幅度的提升。这意味着历史上因为太平天国革命运动而导致的满清汉族大臣势力崛起的历史事实提前上演了，只不过汉族大臣势力上升得没有晚清那么多。
即便如此，满洲权贵也没有激烈的反对洪承畴和范文程的所谓改革，反而允许其通行。其中一个主要原因是改革使部分人的收入不降反增。特别是军费都进了满洲人的口袋。这就导致满洲既得利益集团无法团结起来一起扑灭改革。加上有布木布泰的支持，所以在这几年里改革得以推行。
但是，河北、山西的商人就不会像满人一样“大公无私”了。特别是所谓的八大皇商因为满清的掠夺已经对朝廷十分不满。他们其实是既得利益者，因为帮助满清推翻明朝而获得了大量的利益。但是洪承畴和范文程的改革其中一个主要内容就是掠夺了八大皇商积累的财富。组建新军的很大一部分经费就来自于八大皇商。所以，这使得这些人对洪承畴等极其不满，但是暂时又找不到突破口，只能捏着鼻子认了，但心中的怨恨随着时间的推移与日俱增。
故而，在李存真的一再“勾引”之下，不少商人开始选择偷偷与南明合作。大量的战马、皮革、貂皮、人参和药材被走私到朝鲜，然后从朝鲜又转道进入南明。
还有一部分北货，特别是药材和硝，竟然是通过陆路走山西过河北南部进入山东，然后装船用运河运到扬州的。在这一过程当中，郭玉凡和秋思等山东大侠起到了不少的作用。毕竟押镖运镖本来就是这些人的老本行。在兵荒马乱的年代，面子显得比枪杆子更重要。
不得不说，资本是没有国家和立场的，虽然资本控制的人有立场，但是八大皇商本来就是背叛明朝投靠清朝的，如今再次投靠明朝，在他们自己看来这就是“反正”，不仅在道德上毫无压力，有的人甚至为此而感到骄傲和自豪。因此纷纷和南明做起了买卖。这就像是英荷战争中荷兰商人资本家认为打不赢英国于是投资英国一样。
值得一提的是，满清改革在一开始就触及了“资金”的问题，也就是财政早就已经不堪重负。在改革伊始，洪承畴、范文程和满洲大臣们就商量着如何才能获得足够的资金。为此，一群人吵来吵去，竟然为此酝酿了差不多两年。
在这两年的时间里，满清的满汉大臣差不多分成两派，一派以满蒙大臣为主，强调需要做的就是多多铸造铜钱，使用铜钱，至于黄金和白银应该从民间调取，规定凡是民间有私自藏匿黄金白银的一律发配为奴，需要用金银兑换铜钱，如此一来朝廷手中的金银就增加了。
而另外一派则以汉族大臣为主，强调应该学习南明明李李存真的办法发行“债券”，以债券的形式来聚联财富，同时辅之以“纸币”，依靠发行纸币的方式就可以挽救财政危机。
鳌拜在朝廷当中针对汉族大臣的财政政策大声说道：“纸钞便是亡国之相，南宋蒙元都是因为纸钞亡国，发行纸钞就是饮鸩止渴！现在根本就没有到那个地步。”
范文程罕见说道：“发行纸钞一举击败李贼一切便都有了。”
鳌拜问道：“击败李贼要多久呢？”
范文程没有说话，反而看了看洪承畴，洪承畴道：“少则三年，多则五年！”
鳌拜哼了一声说道：“这是你的见解，搞不好南明便又是一个南宋，能挺一百多年，若是如此，他不死我们先死了。”
双方经过激烈争吵，最终还是由布木布泰决定，暂时不发行纸钞，而是铸造铜钱。铜材自筹一部分，剩下不足的部分就从日本获取，正好可以通过朝鲜转运。
由于康熙二年的时候荷兰人失去了台湾，便想要勾结满清拿回台湾，所以承担了从朝鲜运铜的买卖。
荷兰人想要什么呢？除了台湾，荷兰人最梦寐以求的就是进入中原。巴达维亚的殖民当局不是没有想过和李存真合作，但是由于他们得到消息，李存真早就已经和英国合作，并且最近也和葡萄牙、西班牙有所往来便放弃了这个打算。
毕竟此时英国和荷兰的关系非常紧张，荷兰巴达维亚殖民当局认为李存真一定会拒绝他们。就算他们去和南明接触，李存真答应合作多半也会是计谋，最终使得荷兰遭受巨大伤害。更何况，荷兰人听说李存真其实和郑成功早有勾结，那就更不能是真心合作了。
这一次，荷兰为满清运铜，满清则承诺开放口岸，并且租借塘沽地区，而铜则以貂皮、人参、鹿茸、皮革和食盐等物作为交换。双方签订了合同之后荷兰才开始运铜。不过，满清只给了部分定金，尾款迟迟没给。
荷兰人看中的不是尾款，而是商阜，这是他们打入中原的第一步，已经是一个十分难得的突破了。
